꼬마가 되어버린 신이치는 에도가와 코난으로 이름을 바꾸고 란의 집에 신세를 지면서 초등학교를 다니게 된다. 초등학생이 된 신이치는 그 추리력으로 계속해서 여러 사건들을 해결하며 자신을 어리게 만든 조직의 발자취를 쫓는다.