기원 2199년, 지구는 수수께끼의 이성인 「가밀라스」의 공격으로 멸망의 위기에 처해 있었다. 가밀라스의 폭탄 공격으로 바다는 메말랐고, 지구상의 생물의 대부분은 사멸했다. 남겨진 소수의 인류는 지하도시를 건설해 가밀라스의 공격을 견디고 있지만, 지하에까지 침투해 온 방사능에 의해 인류 멸망까지 앞으로 1년 여가 남은 상황. 지구의 미래를 위해 야마토가 출격한다!