동물 마을에 사는 한 뼘만큼 작은 유일한 인간 소녀 ‘엠마’. 동물들 속에서 자란 그녀는 늘 자신이 어디에서 왔는지 궁금하다. 어느 날, ‘엠마’는 자신의 비밀을 풀기 위해 과학자 ‘에드워드’와 천재 발명가 거북이 ‘뉴턴’을 만나 열기구를 만들고 작은 인간이 사는 숨겨진 섬을 찾기 위해 탐험을 시작하는데! 용감한 꼬마 소녀 엠마의 스펙터클한 모험이 시작된다!